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2016年5月 5日 (木)

プロテオーム統合データベースjPOSTを開発~アジア・オセアニア唯一の国際標準データリポジトリをスタート~

平成28年5月2日
京都大学
熊本大学
九州大学
新潟大学
情報・システム研究機構
科学技術振興機構(JST)
 
詳細は、リンクを参照して下さい。
 
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 jPOST
(Japan ProteOme
 STandard
 Repository
 /Database注1)、
http://jpost.org/)は、
京都大学を中心としたオールジャパン体制
で開発が進められている
プロテオーム注2)統合データベースです。
 
 国内外に散在している種々の
プロテオームデータを標準化・統合化
・一元管理したもので、多彩な生物種
・翻訳後修飾注3)・絶対発現量注4)
などの情報を含み、さまざまな解析が
可能であるという特徴を有しています。
 
 今回、jPOSTデータリポジトリ注5)
システムを新たに開発し、全世界に向けて
公開しました。
 
 本システムは、アジア・オセアニア地域
における初めての国際標準プロテオーム
データリポジトリであり、2016年度
国際ヒトプロテオーム機構
・プロテオミクス標準化構想会議
(HUPO-PSI、
 2016年4月18-20日、
 ベルギー・ゲント市)において、
国際標準のデータリポジトリシステムを
提供するProteomeXchange
コンソーシアム(PXC)注6)への
加盟が宣言されました。
 
 今後、アジアを中心に世界中の
プロテオームデータをjPOSTに
収集することが可能となります。
---------------------------------------
 
>得られたプロテオームデータは、
>データベースの形で欧米を中心に
>各地で蓄積され、国際連携が
>進みつつあります。
 
>一方、日本においては国際的に
>連携できるプロテオームデータベースが
>存在しないため、国産のデータを
>海外のデータベースに登録せざるを
>得ないという懸念されるべき状況に
>ありました。
 
>PXC加盟機関は欧米諸国のみであった
>ため、インターネット接続されている
>とはいえ、リポジトリサイトとの
>物理的距離によって通信速度が
>明らかに影響を受け、データの大きさ
>(ファイルサイズ)によっては、
>日本からアップロードするのに
>1週間以上かかる場合もありました。
 
>すなわち、欧米諸国以外の研究者は
>数日かけて欧米のサイトにデータを
>アップロードし、別の研究者は
>そのデータを再び数日かけて
>ダウンロードする、という極めて
>効率の悪い状態が続いていました。
 
 今回のデータベース作成は素晴らしい
活動ですね。
 
>jPOSTリポジトリは、
>アジア・オセアニア地域で唯一の
>PXC加盟プロテオームデータ
>リポジトリであり、これらの地域からの
>データのアップロードが極めて高速です。
 
>さらに、ファイル送信方式を新たに開発
>し、既存のPXC加盟リポジトリと
>比較して、10倍以上の高速化を
>実現しました。
 
 今後は、タンパク質単独ではなく、
生命科学全般の「データの統合化」の
中核となることを目指します。
 と言っています。
 
 おおいに期待しましょう。
 アジア地域は遅れているのですね。
 
 中国はどういうスタンスなのかな?
 アジアの大国なのだから、国際貢献が
あってしかるべきではないのかな?
 
 軍事ばかりでは世界の平和に貢献
出来ないと思う。

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