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2016年3月29日 (火)

染色体の大規模構造変異を高精度に検出できるアルゴリズムを開発

2016/02/02 産業技術総合研究所
 
詳細は、リンクを参照して下さい。
 
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ポイント
 
・超並列DNAシーケンサーで得られる
 正常およびがん細胞ゲノム配列の
 ビッグデータを高速・高精度に比較
 
・がん化した組織中のがん細胞の比率が
 低くても、がん細胞中の構造変異を
 高精度に検出可能
 
・がん細胞に特有のDNA変化を早期に検出
 し、的確な治療法を選択することが
 可能になることを期待
 
 
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概要
 
 国立研究開発法人 産業技術総合研究所
(以下「産総研」という)
創薬基盤研究部門 ゲノム機能情報研究
グループ 瀬々 潤 主任研究員、
山形 浩一 元産総研特別研究員
(現 中央大学 助教)と国立大学法人
大阪大学(以下「大阪大学」という)
大学院 医学系研究科 竹田 潤二 教授らの
グループは、大規模な染色体異常
(構造変異)を高精度・高感度に
検出できるアルゴリズムを搭載した
ソフトウエアCOSMOSを開発した。
 
 近年、がん化した細胞に特徴的な
構造変異が頻繁に観測されており、
この構造変異を高精度・高感度に検出する
ことが、細胞のがん化の早期発見と、
構造変化の解析結果をもとにした的確な
治療法の選択につながると期待されている。
 
 今回開発したCOSMOSは、
超並列シーケンサーから得られた
ゲノム配列のビッグデータを高速に
解析できるソフトウエアで、
マウスES細胞などを用いて検証した
ところ、既存手法を大幅に上回る
精度や感度を実現していた。
 
 この技術は、細胞のがん化の原因究明や
がんの早期発見の実現への貢献が
期待できる。
 
 なお、この技術の詳細は
Nucleic Acids Researchに掲載されるが、
それに先立ち、オンライン版が
2016年2月2日2:00(日本時間)に
掲載される
---------------------------------------
 
>がん化した組織中のがん細胞の比率が
>低くても、がん細胞中の構造変異を
>高精度に検出可能
 
>がん細胞に特有のDNA変化を早期に検出
>し、的確な治療法を選択することが
>可能になることを期待
 
 この二つにはおおいに期待したい。
 
 ビッグデータをいかに上手く
利用出来るか?
 
 医療の分野でも重要です。

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